L’édification de cette Église Saint Jean-Baptiste de Bourbourg remonte XIe siècle. La ville a particulièrement bien retravaillé le parvis et les contours de l'église Saint-Jean-Baptiste. Des vieilles maisons ont été détruites, faisant même redécouvrir aux habitants des pans entiers de leur église jusqu'alors cachés par des habitations.
Une église est attestée à Bourbourg au XIe siècle, construite sans doute sur l’initiative des moines de Saint-Bertin. Les soubassements de maçonnerie irrégulière en grès ferrugineux, bien visibles sur les parties inférieures de la façade occidentale, témoignent d’un premier édifice roman de plan basilical. Un nouveau chœur a été élevé vers le milieu du XIIIe siècle dans le style gothique ogival, inspiré de l’Île-de-France. Les moines de Saint-Bertin avaient des relations fréquentes avec les couvents de la région parisienne. L'Église Saint Jean-Baptiste est éclairé latéralement par des fenêtres hautes. Cette partie de l’édifice constitue l’un des éléments exceptionnels du patrimoine gothique de la région Nord - Pas de Calais.
Le chevet en est particulièrement remarquable, avec les colonnettes élancées qui encadrent les fenêtres à lancettes. On doit mentionner également les chapiteaux historiés ainsi que la clef de voûte où sont représentés les anges de l’Apocalypse sonnant des trompettes et celle évoquant le Bon Pasteur ramenant la brebis égarée. Le portail occidental de l'Église Saint Jean-Baptiste présente un style de transition entre le roman et le gothique, avec la particularité qu’offre son arc trilobé reposant sur de fines colonnettes à chapiteaux. Le portail de la façade ouest, du XIIIe siècle, présente un arc fléché, exemple rare de l’art de transition entre roman et gothique.
Les transepts n’auraient été élevés qu’au XVe siècle, et l’Église Saint Jean-Baptiste fut transformée en hallekerque (église-halle) vers la fin du XVIème siècle, par l’adjonction de nefs latérales entourant la nef principale restée romane. D’autres modifications considérables interviennent à cette époque, ainsi que dans les premières décennies du XVIIe siècle, avec la prolongation des transepts et la modification de la façade occidentale. Avant 1940, des ancres du pignon ouest indiquaient la date de 1571 et celles du pignon sud affichaient le millésime 1614. On considère que le clocher a été érigé à cette même époque.
Les transformations de l'Église Saint Jean-Baptiste résultent également de la nécessité de reconstruire après les ravages causés par les guerres qui ont lieu dans la région au XVIIe siècle en particulier. En 1739, le clocher de l'église s'écroule. Il fallut quinze ans de travaux pour la remise en état de la partie de l'église sur laquelle il tomba.
Jusqu'à la Révolution française, l'Église Saint Jean-Baptiste fonctionne grâce à une multitude de petites donations, surtout des rentes annuelles sur des maisons et des terres en contrepartie de l'exécution de messes ou saluts pour les donateurs et membres de leur famille. L'église reçoit également des dons : parcelles de terres, maisons, etc. Les biens donnés ou faisant l'objet de rentes annuelles se situent majoritairement à Bourbourg même et dans les villages proches. Elle loue en général les biens qui lui sont donnés (de l'ordre de 58 mesures courant XVIIIe siècle, soit environ 25 hectares), ce qui lui ramène des revenus s'ajoutant aux droits dont elle bénéficie, droits sur les bières, sur les vins, débités en ville, revenus des quêtes lors des messes, des messes ou cérémonies particulières (mariages, enterrements, baptêmes, etc.). Néanmoins, au milieu du XVIIIe siècle, les recettes ne couvrent pas les dépenses : vie quotidienne des desservants, (curé, vicaires, chantres, musiciens,..) entretien du bâtiment, achat des fournitures nécessaires au rite, etc. L'église rend des comptes tous les deux ans devant des représentants des échevins.Pendant la Révolution française, les biens de l'église sont majoritairement vendus en tant que biens nationaux.
L'Église Saint Jean-Baptiste a payé un lourd tribut aux conflits. Une première catastrophe affecta l’édifice en 1739, avec l’effondrement du clocher, qui, dans sa chute, ruina également la nef. Entre 1769 et 1771, la nef est entièrement reconstruite et surélevée. Une tribune d’orgue fut élevée en 1778, et l’instrument de trente trois jeux et son buffet y sont installés à la même date.
Au cours de la Seconde Guerre Mondiale, l'Église Saint Jean-Baptiste est endommagée en avril 1918 par les bombardements de la ville. Une torpille fut lâchée à proximité ; l’effet de souffle endommagea gravement les vitraux. L'église a ensuite connu une importante restauration, bénie par le cardinal Achille Liénart en octobre 1933. Des objets, ainsi qu’une grande partie de l’édifice, seront les victimes d’une autre catastrophe, aux conséquences encore plus dramatiques, qui survint le 25 mai 1940, quelques jours après l’offensive allemande sur Dunkerque.
Tandis que les soldats français et britanniques essaient de quitter la poche de Dunkerque, les bombardements intensifs provoquèrent l’embrasement de la tour et du campanile qui, après la chute des cloches, s’affaissèrent sur la nef. Puis, un avion allemand est touché par la défense antiaérienne française. Rapidement, il perd de l’altitude. Son réservoir laisse échapper de l’essence enflammée qui se répand sur le toit de l’église Saint-Jean-Baptiste et s’effondre, l’incendie détruit partiellement l’église Saint Jean-Baptiste. Un orgue et son buffet datant du XVIIIe siècle sont détruits. L'avion s’écrase rue Carnot. L’incendie de l’église se propagea aux maisons alentour.
En 1944, l'Église Saint Jean-Baptiste est ravagée. On découvre douze fosses et pierres tombales. On y a également trouvé des plaques murales du type ex-voto ou promesse de dons, par exemple à la Table des pauvres en échange de la célébration de messes. Au moyen Age, l'usage pour les personnalités est de se faire enterrer dans l'église de la ville ou du village, dans une fosse recouverte, d'abord aux XVe – XVIe siècles, d'une dalle de pierre plus ou moins ornementée avec leur nom, puis par la suite d'une dalle de marbre
De long hiver commence alors pour le chœur. Pendant plusieurs années, l’ensemble de l’Église Saint Jean-Baptiste demeure sans toiture et sert de terrain de jeux. Par ailleurs, elle fait l’objet de nombreux actes de vandalisme avant que la nef ne soit restaurée grâce aux dommages de guerre à partir de 1955, par l’architecte en chef des monuments historiques Charles Waldschmidt (puis Etienne Poncelet entre 1982 et 1990). La reconstruction s'étale alors sur une très longue période. Ce n'est qu'en 1962 qu'une partie de l'église, circonscrite à la nef, est rouverte au culte et les travaux de restauration du chœur gothique ne sont entrepris qu'en 1995. Le chœur restauré a été inauguré en octobre 2008.